返程复述同意撤军的打算，留下了马忠，帮助自己管理军中事务。
该年八月，诸葛亮正带蜀军撤退之时，汶山郡的羌人突然作乱。诸葛亮急令马忠统军前去讨伐。羌人在山间要隘处设置石门，并堆积石块、铁蛋等武器用以抵抗蜀军。马忠以牙门将张嶷为先锋进讨，张嶷采用恫吓之举，迫使部分羌人头目产生恐惧而降。坚持叛乱的羌人，只得逃往山中。马忠率军追击，彻底平定汶山郡的叛乱。两年后，庲降地区少数民族首领刘胄，因恨张飞之子、都督张翼的严厉执法，起兵造反。诸葛亮以马忠代张翼为庲降都督，统军平叛。马忠不辱使命，击杀刘胄，平定叛乱。朝廷加封马忠为监军奋威将军，并封博阳亭侯。
越雟郡，即时下四川省西昌市一带，是一个最让蜀汉朝廷头疼的郡，散居此郡的少数民族，争强好胜，蛮横无理，动不动就相互斗殴，或者联合起来对付朝廷派置机构或委任官员，先期两任太守龚禄、焦璜，皆被暴民虐杀，以致此后朝廷任命的太守，不敢再去郡府邛都治所上任，只敢驻扎在离越雟郡郡治邛都直线距离八百里外的安上县办公，如此一来，政令难以落实，越雟郡也就成为一个"山高皇帝远，强横说了算"的无政府地区。
为了扭转越雟郡的这一局面，诸葛亮又将重担压到马忠肩上。马忠领衔后，即与越雟郡太守张嶷一起，先是认真调查研究，然后有的放矢治理，通过"恩威并济，剿平乱夷，迁回郡治，修缮城廓，控制资源，贯通道路，设置驿亭，恢复通信"等便民、利民、惠民举措的实施，赢得越雟郡绝大多数祈求安稳度日的乡民拥护，以致后来张嶷调任朝廷任职时，乡民闻讯拦路挽留，挽留不成后又有近千青壮男子，志愿跟随张嶷到达成都，强烈要求从军、为国效力。因于越雟郡社会治安风气的转变，浸润着马忠的诸多劳苦，朝廷加封其为安南将军，并进封彭乡侯。
公元242年，马忠回到成都任职。其时驻扎汉中的大司马蒋琬经过调研，觉得以往诸葛亮北伐借道祈山所走路线，山高道窄，远不如通过沔水运输军队、物资袭击魏国方便。基于这一东进方案需要制造大量舟船，朝中多数臣将认为开支巨大，皆不赞同。于是刘禅遣派马忠北上汉中，宣召蒋琬返回朝廷。当时蒋琬身体染恙，需要休养，便与马忠交接后离开汉中，他所倡仪的东进伐魏之策也就偃旗息鼓。朝廷加拜马忠为镇南大将军。
两年后，曹魏大将军曹爽率军进攻汉中。刘禅差大将军费祎北上御敌，回调马忠至成都，平尚书事，参与朝廷政事谋议。费祎击败曹爽凯旋
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