便屡次献计，使得广东的明军逐渐稳定住了当时局面，史书记载“公(陈璘)献策军门凿凿中款，张公奇之，即署把总，领兵事”，虽然把总只是一个正七品的武官，但是也足以看出年轻时的陈璘有着优秀的军事素养。
当年十月，陈璘跟随大军一起出征讨伐林朝曦所部。胆大心细的陈璘决定只身前往林朝曦的军营劝降，“公单骑往砦中，谕以朝廷威信，诸党皆散，遂计擒朝曦、朝敬，磔于市”，短短一句话就可以看出陈璘的勇气和智谋。
此后的两年内陈璘又多次成功平定叛乱，这也使得他在嘉靖四十三年(公元1564年)，升任韶州所指挥佥事一职。
一年后的嘉靖四十四年，广东再次出现变乱。山贼卓文胜等人，劫掠乳源、英德等县并且修筑巢穴对抗官府。当时一位冯姓佥事被俘，卓文胜便坐地起价，要求官府支付大量赎金。
就在众人皆无计可施的时候，陈璘提出了一个大胆的计划。他决定单刀赴会，以自己作为人质换出冯佥事，陈璘在单枪匹马来到敌巢后便告诉那些山贼，自己乃是都护陈璘，如果放了冯佥事将他留下来，他们将会得到更多的赎金。
求财心切的卓文胜等人居然相信了陈璘的说法，深入敌巢的陈璘并没有慌张，而是跟看守他的人有说有笑。几日之后，陈璘觉得冯佥事应该已经成功脱险，便开始了自己的逃跑计划。
他先是利用博彩的小把戏来诱惑这些山贼，同时山贼也认为自己的巢穴万无一失，便放松了守备，陈璘抓住机会悄然脱身。此时的陈璘不但自己重新获得了自由，更重要的是他已经详细掌握了这伙山贼巢穴内部的情报。
于是，他在返回之后带领明军一举击溃敌人，生擒了卓文胜。此后多年，陈璘一直身处广东平乱的第一线，并且多次领兵击败当地贼寇。
时间来到万历元年，那时候的陈璘凭借着自己的军功，已经升任广东都司佥事，成为了一员高级武将。陈璘刚一到任，便组织了对于贼寇邓胜龙的征剿行动，这也是陈璘军旅生涯中第一次单独主持的军事行动。凭借自己丰富的军事经验，陈璘利用提前布置好的埋伏，生擒邓胜龙大胜而归。
万历二年，陈璘再次领兵参与了对粤东大盗诸良宝的作战行动。诸良宝早在隆庆年间就作为盗匪受到过朝廷的打击，随后选择归顺朝廷，并且接受了巨额的封赏。
可是没想到的是，没过多久诸良宝就再次复叛为匪，当地明军难以与之匹敌，粤东一带再次陷入动荡之中，诸良宝还大兴土木，修筑了易
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